De zwartstaartprairiehond wordt zeven tot acht jaar oud. Natuurlijke vijanden zijn vooral vossen en zilverdassen, maar ook coyote, rode lynx, arenden, buizerds en slangen doden wel eens een prairiehond. De belangrijkste natuurlijke vijand van de prairiehond was de zwartvoetbunzing, maar deze soort is in het wild uitgestorven, mede doordat het aantal prairiehonden is gedaald.